Die Kundenreferenz ( <EndToEndId> ) ist ein optionales, maximal 35-stelliges Feld und wird im Kontoauszug des Empfängers ausgegeben. Sie dient zur eindeutigen, auftraggeberseitigen Identifizierung der Transaktion und wird dabei im gesamten Überweisungsprozess unverändert bis zum Empfänger weitergeleitet. Bei Rückgaben wird dieses Element ebenfalls angegeben und bietet sich für einen Abgleich mit der Originaltransaktion an. Selbstverständlich ist in der EndToEndID nur der Sepa-Zeichensatz ohne Umlaute erlaubt.
Sowohl in einer Sammellastschrift, als auch in der normalen Sammelüberweisung kann diese Referenz optional angegeben werden. Sie muss sich jedoch zwischen den einzelnen Datensätzen einer Datei eindeutig unterscheiden. So bietet Ex-Sepa neben der Verwendung eines eigenen Datenfeldes der Datenbank die Möglichkeit, durch das Voranstellen von '#' im EndToEndId-Feld eine feste Kundenreferenz anzugeben. Zwecks Eindeutigkeit werden dann die restlichen 5 Stellen dieser ID mit der laufenden Nummer des jeweiligen Datensatzes aufgefüllt.